Au XVIIIe siècle, la York Retreat (institution anglaise pour malades mentaux fondée par William TUKE, philanthrope et humaniste : 1732–1822) a établi ce que l’on considère comme la première pratique thérapeutique utilisant les animaux. En effet, W. TUKE a eu l’idée d’enseigner aux malades mentaux à prendre soin de petits animaux. Selon lui, cela permettait de rendre confiance aux patients et les encourageait à des attitudes plus responsables.

1942, à Pawling dans l’Etat de New York, l’Air Force Convalescent Center fait appel à des chiens pour remonter le moral des blessés de guerre et accélérer leur guérison.

Au même moment Boris LEVINSON, psychologue américain, découvre accidentellement les bienfaits thérapeutiques de la zoothérapie. Alors qu’il accepte de recevoir dans son cabinet un dimanche les parents de Johnny, jeune patient autiste, il oublie que son chien Jingles l’accompagne. L’enfant, lourdement atteint, refusait tout contact et ne parlait plus. A son entrée dans le cabinet le chien se dirigea vers lui : Johnny lui répondit par des caresses, puis il se mit à lui parler, établissant ainsi une communication. Le Dr LEVINSON comprend alors que quelque chose vient de se passer et que le chien peut être un médiateur entre lui et son patient. A partir de ce jour ses consultations se déroulent toujours en présence de son chien et il développera la théorie de la « Pet Oriented Child Psychotherapy »

Dans les années 70, un couple de psychiatres américains, Samuel et Elisabeth CORSON, étend la pratique aux adolescents et aux adultes en introduisant pour la première fois des animaux dans les hôpitaux psychiatriques. Ils pensaient que la présence des animaux avait un effet de « catalyseur social ».

En France, en 1976, après avoir contacté Boris LEVINSON, Ange CONDORET, vétérinaire français, entreprit des expériences avec des enfants souffrant de problèmes de langage. Il fonda l’AFIRAC (Association Française d’Information et de Recherche sur l’Animal de Compagnie), qui a pour objectif l’étude de la relation de l’homme avec l’animal. A partir des années 1980, les recherches vont s’attacher à prouver les bénéfices sanitaires du contact animalier.

Le concept de médiation animale apparait dans les années 2000, moment où l’on a affirmé la différence entre « AAA » (Activités Associant l’Animal pouvant être réalisées par tout un chacun) et la TAA (thérapies Assistées par l’Animal, pratiquées par des professionnels du médical ou du paramédical ayant suivis une formation particulière).

Le terme « médiation animale » apparait en 2005, mais ce n’est qu’en 2008 que la Fondation Adrienne et Pierre Sommer lui donne la définition admise aujourd’hui par tous les professionnels comme LA définition de la Médiation Animale.